一是通過微生物同化還原和植物吸收形成含硫有機化合物，如含硫維生素或蛋白質和其他含硫氨基酸如蛋氨酸、半胱氨酸和胱氨酸等，存在于所有生物體中，然后在一定的低溫條件下分解產生硫化氫，這是形成以腐化為主的硫化氫的過程，發生在表面。這種方法出現在煤化初期，產生的硫化氫規模和含量都不會很大，不易積累。
據硫化氫廠家介紹，二是微生物硫酸鹽還原菌利用各種有機物或碳氫化合物還原硫酸鹽，在異化作用下直接形成硫化氫。在這個過程中，硫酸鹽還原菌只將一小部分代謝出的硫吸收到細胞內，大部分的硫被好氧生物吸收，完成能量代謝過程。某些菌種有機物的分解產物可能成為其他菌種需要吸收的營養物質，會提高硫酸鹽還原菌對有機物的吸收轉化效率，從而產生大量的硫化氫。硫酸鹽還原菌將硫酸鹽還原為硫化氫的方式也稱為微生物硫酸鹽還原。
